fdroid

Ваша задача не имеет однозначного решения. Самые популярные дистрибутивы - XigmaNAS, Openmediavault. Если хочется ненапряжного мышкотыка, то можно попробовать DSM от сетевых накопителей Synology, которую можно установить на обычный ПК - проект называется Xpenology (да, именно так).

Впрочем, лично я на таком железе как у вас поставил бы чистый Debian и развернул бы на нём Nextcloud и все необходимые сервисы.

1. Слив данных на мой мини-сервер (вручную, либо с помощью какого нибудь приложения)
2. Потребление контента с этого сервера (видео, музыка)
3. Возможность иногда кинуть ссылочку на файл одному из юзеров
4. Настройка прав доступа к определенным папкам определенных юзеров

Nextcloud.
А вообще, никто не мешает совместить доступ к файлам как через браузер, т.е. облако, так и через Samba.

В первую очередь встал вопрос, брать маршрутизатор встроенной оптикой или делать с отдельным конвертером.

А для чего вам оптика? Вы уверены, что ваш провайдер предоставит вам оптическую линию, которая будет работать с вашим оборудованием?

MikroTik RB2011UiA S-2HnD-IN

старая модель с в разы менее производительным процессором чем оба hAP ac и ac2. Также, нет поддержки 5Ghz Wi-Fi.

Еще вопрос, имеет ли смысл загоняться с кабелем в плане категории, хватит 5-6е или брать 7.

Смысла нет, любая самая дешёвая витая пара, если не повреждена и изначально не бракованная, с лёгкостью обеспечит гигабит внутри локальной сети.

В плане NAS присмотрел пока QNAP D2, в этой ценовой категории интереснее не нашел, но может вы знаете)

Как человек, некоторое время упарывающийся по NAS, выражу мнение - лучше Synology ничего нет. Не обращайте главное внимание на характеристики железа, в этом случае софт решает, а у Synology он лучший.

Как вариант, не использовать доступ к Synology. Поручить пользователю одного из компов удаленной локалки установить Teamviewer, подключиться к удаленному рабочему столу через TV, для доступа к роутеру по ssh использовать тот же Putty, работая с удалённого компа.

NAS4Free, если нет каких-то особых требований.
Ubuntu Server, если есть желание получить полностью конфигурируемую систему. Вот здесь есть хороший мануал по быстрому старту, старенький, но актуальности не потерял.
Xpenology я не рекомендую, т.к. это, по сути, хакнутая версия Synology DSM, работа которой возможна только со специфическим загрузчиком на флэшке. И любое обновление может сломать систему и развалить RAID. Почитайте форум прежде чем доверять системе важную информацию.

Работоспособность iLO от ОС не зависит, за исключением мониторинга состояния жестких дисков в веб-интерфейсе iLO - чтобы это было доступно, в ОС должно быть установлено соответствующее ПО от HP.