Не изобретайте велосипед. Каждому свое. Фря пусть рулит проксей и шлюзом все остальное отдайте windows среде. DNS и DHCP только на windows. Ибо много там завязано, откровенно утомитесь разгребать косяки в AD. Перевести домен на самбу это вообще из разряда альтернативных решений. Посмотрите спеки 4.0 реализует домен эмулирующий 2000 windows