Потому что повесили событие на скрытый элемент, вот и не работает.
$ ('#site-title'). on ('mouseenter', function () {
let submenu = $ (this).parent ().find ('.submenu');
submenu.fadeIn (500);
$ ('#site-title'). on ('mouseleave', function () {
submenu.fadeOut (500);
});
});