Учтите, если захотите воспользоваться Мегапланом: система ведения документации жутчайшая(отсутствует по сути) и медленный интерфейс. Пользуюсь JIRA и Мегаплан. Мегаплан уже в силу необходимости, на одном из коммерческих проектов просто отказались, на другом, к сожалению, отказаться уже невозможно. И кроме документации у них свои «особенности» по ведению статистики: проставить время выполнения задачи можно только с комментарием, срезы по сотруднику «глюковатые», в exсеl может скопироваться совсем не то, что вы выбрали в фильтре (срезы). Было это два месяца назад, если память не изменяет, новый билд они уже выкатили, а глюки остались.
По JIRA я не использовал только уведомления в виде смс, в IM, и «гибкое api» (но оно точно есть). Использую как cloud версию, так и corporate. Серверная выигрывает в производительности, клауд не без тормозов, увы, может из-за маленького тарифа (10 чел) :) Приложения есть под IOS, JIRA-connect, например, вполне рабочее.
Под Мегаплан, кстати, IOS приложение приличное (по ощущениям, лучше вебки), только файлы к задаче не дает скачивать.
