Альтернатива есть, называется Git-репозиторий. Работаешь на работе, делаешь пуш на удалённый сервер, дома вытягиваешь изменения с сервера и продолжаешь работать. Веб-сервер и прочее настраиваешь отдельно на каждой машине. Да даже если Git не подходит, можно переносить лишь сам проект на флешке. Сам веб-сервер переносить на флешке как-то странно. Ещё есть вариант писать на Java, будет запускаться везде при наличии JRE.