Если кратко, то от имени этого пользователя выполняются практически все службы. Служба - это программа которая работает в фоне. Как правило, они обслуживают твой компьютер, чтобы он чувствовал себя хорошо, и мог то, что может. В последних версиях Windows список существующих служб можно посмотреть на закладке "Службы". Можешь посмотреть какие службы за что отвечают. System имеет почти безграничную власть над компьютером. И если начать эти права ограничивать, то винде поплохеет.
Готового ответа не дам, но скажу что потребуется для решения:
* call :subprogram1 param1 param2 - для вызова подпрограмм батника с нужными параметрами. (см. call /?)
* for /d - для перебора папок в текущей папке (см. for /?)
* for /f %%i in (`dir /b *.jpg`) - для перебора файлов в текущей папке.
Вместо json рекомендую использовать yaml, он для этой задачи больше подходит
Запусти procmon.exe (Process Monitor) и посмотри где в реальности ищется папка scrapy при конвертировании. Скорее всего совсем не там, где ты ожидаешь.