Тут нужно смотреть еще сколько по времени работает текущая конфигурация mysql. Вопрос оптимизации настроек БД зависит от многих факторов. Так в лоб не получится оптимально все настроить. Мой вам совет тестировать под нагрузкой. Поправили ряд параметров и оставили на пару дней/неделю. Сделали вывод. Я так сам делаю.
Что можно сказать быстро:
Вас должен насторожить вот этот параметр "Joins performed without indexes: 1371"
Это означает что следует пройтись по запросам и посмотреть какие из них выполняются без индексов, проставить например ID инфоблоков для селектов и так далее. Посмотрите на вот эту утилиту : newrelic.com. Она позволит залезть прям в кишки и посмотреть что загружает. Это что касается нагрузки на сервер баз данных. Общие рекомендации.
