Вот и ошибка.
В поле `LIST` автор пытается отправить json структуру, в то время как битрикс ожидает HTTP параметры.
Таким образом его исходный запрос:
https://domain.bitrix24.ua/rest/321/apicode/crm.deal.userfield.update.json?ID=223&LIST=[{"id": "49", "DEL": "Y"}]
Должен выглядеть следующим образом:
https://domain.bitrix24.ua/rest/321/apicode/crm.deal.userfield.update.json?id=223&LIST[0][ID]=49&LIST[0][DEL]=Y
Либо, установить заголовок отправляемой информации в javascript и отравить json:
{
"id": 223,
"LIST": [{"id": "49", "DEL": "Y"}]
}