gudron

проблема не в yii. и я 2 раз уже об этом упоминал.
Конкретно у вас возможно не установлена опция в yii protected/config/main.php

'assetManager' => array(
      'class'         => 'CAssetManager',
      'linkAssets'    => true
),

Проблема общая. Симлинки создаются относительно chroot'ного пути. и вне chroot'a эти симлинки ссылаются на пустоту.

из мана убунты на ln

-d, -F, --directory
allow the superuser to attempt to hard link directories (note: will probably fail due to system restrictions, even for the superuser)

 Тоесть по умолчанию создать хардлинк на директорию нельзя. А если можно то только супер юзеру, и только на линуксах. На MacOSX такого параметра у ln нету.На freebsd  возможно тоже, проверить неначем в данный момент.

Плюс ко всему нужно изменять поведение  yii фреймворка, или любого другого фреймворка, что не есть хорошо.

В общем - вариант, но достаточно условный. Хотелось бы более универсальное решение.