Сколько записей в таблице ? Не думали о том, что просто очень долгая выборка ? Посмотрите какой запрос реально выполняется и постройте план запроса. Скорее всего очень большая таблица на которой нету индексов.
Если проблема не в этом, то нужно разбираться что именно происходит уже внутри спринга.