Была у меня совсем недавно очень похожая задачка, но не про настройки и поддомены, а про расписание вкл/выкл уличного освещения в городах и районах городов (можете посмотреть мои вопросы).
Я пришел к такому решению (в терминах вашей задачки):
Данная схема мне нравится тем, что новый созданный домен наследует настройки от своих "родителей" без новых записей в таблицу
Assignment. Но при этом, ничего не мешает явно кастомизировать настройки для данного домена, добавив записи в таблицу
Assignment. Внешний код сначала ищет в
Assignment настройки для данного домена, если их нет, то применят настройки родителей.
Хотелось бы услышать критику данного варианта схемы, так как она является моей придумкой (наверняка не уникальной) и я не до конца в нем уверен.