Вы сделали запрос через PDO, но не разобрали результат.
Метод query возвращает вам обьект PDOStatement из которого нужно вытащить результаты, например следующим образом:
$dbh = new PDO("mysql:host=$db_host;dbname=$db_name",$db_user,$db_pass);
$statement = $dbh->query("SELECT * FROM files WHERE name = '/var/www/test/1.txt'");
$result = $statement->fetchAll(\PDO::FETCH_ASSOC);