Денис

Конкретно в моём случае, была проблема в том, что я использовал ContentProvider, у которого не позаботился о уникальном имени.
Как только имя стало зависеть от версии productFlavors, всё стало работать.

Вот так выглядит изменённый провайдер

<provider
            android:name="android.support.v4.content.FileProvider"
            android:authorities="@string/provider_authorities"
            android:exported="false"
            android:grantUriPermissions="true">
            <meta-data
                android:name="android.support.FILE_PROVIDER_PATHS"
                android:resource="@xml/file_path">
            </meta-data>
        </provider>

Параметр @string/provider_authorities я беру из xml, привязного к productFlavors