Ришат Кадыров

Да, конечно.
Это называется "Миграция БД".
Почитайте на эту тему подробнее.
Конкретная реализация зависит от того, какой стек технологий вы используете.

У вас стандартное решение.
Отмечу, что некоторые БД (не MySQL) имеют синтаксис для работы с рекурсивными запросами из коробки. В случае MySQL часть логики придется переложить на PHP, но вы кажется с этим и так согласны.

В идеальном мире, где пони какают бабочками, так делать конечно нельзя.
В нашем мире, такое есть, к примеру, в Wordpress - самой популярной CMS в мире.
Разумеется, у вордпресса весьма уродливый код, но это не мешает им быть сверхуспешными.

Давайте по чесноку. Нормализированная таблица это круто, но зачастую очень дорого. Кинуть данные сериализированного массива в ячейку и потом ее достать - 10 минут работы программиста.
Проектировать хорошую БД - на порядки сложнее (и требует программистов более высокой квалификации).
И самое печальное, второй вариант на 1500 записей не нужен. Можно и в файлах хранить, в общем то. Но с БД будет несколько прикольных фич из коробки. Если хранить в файлах, нужно писать ORDER или SELECT самим, что занимает некоторое время.

Поэтому, с точки зрения бизнеса, подход "и так сойдет" более выгоден по деньгам, хоть и оскорбляет ваше чувство прекрасного.

50 миллионов на чтение это копейки для любой БД.
MySQL не самый медленный вариант.

А у нас на этот счет две мысли.
1. Вы пишете что там есть интеграция с 1С. Но она там так себе, в тоже время для интеграции Битрикс не нужен, она легко пишется сама. Словом, интеграция с 1С совершенно не уникальный плюс Битрикса.
2. А вот самый важный плюс Битрикса вы пропустили. Предположим, я заказчик, и у меня есть 100 тысяч бюджета на сайт, за которые я отвечаю головой перед начальством. Сначала я встречаюсь с вами, и вы мне пытаетесь доказать, что вы напишете мне такую штуку, которая будет с MVC и крутой шаблонизацией. А потом я встречаюсь с представителем Битрикса, и он мне показывает самую коммерчески успешную систему в России, показывает готовую админку, показывает множество готовых шаблонов и работающих сайтов. На какую лошадку я поставлю, как вы считаете?

Сложный вопрос. Вообще если в 1000 мест вы используете подготовленные запросы, то в 1001 месте тоже их стоит использовать.

Скорее всего если вы решите написать в этом месте обычный запрос, то в случае действительно хорошего кода надо написать комментарий вроде: "По результатам тестов (ссылка на документацию) было решено отказаться от подготовленных запросов в связи с 5% уменьшением нагрузки на сервер".

Но это только мое мнение, тут все очень условно.

Скорее всего нужен только gcc. Попробуйте установить его отдельно.

Можете хоть прям в html писать эти данные:

<script>
     window.foo = {}
</script>

Это самый простой способ. Проблема в отсутствии возможности кеширования на клиенте и в засорении глобальной области видимости. Но скорее всего это лучше, чем делать каждый раз новый запрос (зависит от количества данных). Немного усложнив и выведя загрузку этой информации в отдельный файл, мы решим проблему с кешированием. Но нам надо точно убедится, что этот файл загрузился до основного скрипта... ну и так далее. В конечном итоге бы напишем свой RequireJS и прославимся.