latteo

Navicat Очень хорошая программа для работы с БД и дампа/синхронизации небольших баз.
А вот пару гигабайт у меня ни разу не потянула. Вываливается с ошибками разной степени тяжести и приходится всё заново начинать. Хотя в v11+ такое заметно реже чем на 8 и 9 версиях.

Sypex Dumper, phpmyadmin и прочие php-скрипты - не смотря на их описание несколько гигов не тянут. Дампят часть базы.

HeidiSQL и прочие раскрученные Open source не потянули даже несколько сотен метров дампа - зависают или падают

mysqldump - единственный адекватный, который быстрее всех и без ошибок перемолол огромный дамп на несколько гигов

То что индекс есть не значит, что он работает ;) Смотри explain.
Если это под нагрузкой, таблица или строка может быть в локе по разным причинам, когда большое время выборки.
Попробуй SELECT SQL_NO_CACHE * для проверки, что быстрый результат это не из кеша.

Запусти на компе разработчика максимально возможное количество воркеров и посмотри нагрузку.
Если есть подозрение, что сайт тоже будет много потреблять, запускай параллельно ab/siege.
Примерно прикинь разницу с сервером и будет понятно, что к чему.
Возьми тестовый впс у хостера, если это возможно, и проверь на нём.
Это единственный адекватный вариант оценки.

PS: У меня были воркеры, которые в 20 потоков тормозили core i3 + ssd, до полной невозможности работы на этой машине. А были и такие, которым 100 потоков нипочём - нагрузки почти не видно.

dev.mysql.com/doc -> MySQL Server -> MySQL 5.x Reference Manual (GA)
Можно скачать в html, pdf, epub, и еще нескольких более спецефичных