Вообще-то Jetty тем и хорош, что настраивается программно и без всяких XML-конфигов.
Если вам всё-же нужно передавать именно xml-файлы с настройками, то можете передать их в класс
Main. Соответственно, Jetty придётся запускать через него.
Ну, или разберитесь как пользоваться реализациями
Configuration. В частности -
JettyWebXmlConfiguration