/users/:userId, предполагаю, идентификаторы пользователей уникальны не только в пределах магазина, но и всей системы. В таком случае, уровень /shops/:shopId будет лишним в задаче изменения информации о пользователе, даже если у пользователя есть привязка к магазину в плоскости бизнес-логики. Поэтому, используйте /users/:userId.