А как настроено выполнение php? как модуль апача, как php-fpm, как cgi? В первых двух случаях вы не сможете найти конкретно тот экземпляр апача или php-fpm, который выполняет ваш скрипт. Точнее сможете, если там достаточно долгие команды, чтобы вы увидели их выполнение по ps xa. Если же команды выполняются быстро - то не увидите