matperez

Разнесите создание инстанса и его использование.

class BarFabric
{
  public function create(array $config = [])
  {
    return new Bar($config);
  }
}
class Foo
{
  protected $barFabric;
  public function __construct(BarFabric $barFabric)
  {
    $this->barFabric = $barFabric;
  }
  public function someMethod()
  {
    $bar = $this->barFabric->create();
    $bar->method1();
    $bar->method2();
    $blabla = $bar->getResult();
    //etc
  }
}

class FooTest
{
  public function testSomeMethod()
  {
    $bar = \Mokery::mock(Bar::class);
    // ... описание поведения для мока
    $factory = \Mokery::mock(BarFactory::class);
    $factory->shouldReceive('create')->andReturn($bar);
    $foo = new Foo($factory);
    $this->assertSomething($foo);
  }
}

О том, как быть с ActiveQuery...

Во первых, выносите логику запроса так же в отдельный класс. Если генерируете новую модель, Gii это может сделать и сам.

class FooQuery extend ActiveQuery
{
    /**
     * @inheritdoc
     * @return Foo[]|array
     */
    public function all($db = null)
    {
        return parent::all($db);
    }

    /**
     * @inheritdoc
     * @return Foo|array|null
     */
    public function one($db = null)
    {
        return parent::one($db);
    }
}

Этот объект передавайте в целевой класс так же как фабрику:

class Bar
{
  protected $query;
  public function __construct(FooQuery $query)
 {
    $this->query = $query;
 }

 public function someMethod()
 {
    $foo = $this->query->where(...)->one();
    $foo->doSomething();
 }
}

Ну а дальше мокайте как и в первом случае

$queryMock = \Mockery::mock(FooQuery::class);
$queryMock->shouldRecieve('where->one')->andReturn($fooMock);

ActiveQuery можно мокать частично, после этого будут выполняться все родные методы, а вот сохранение в базу пропустится.

$fooMock = \Mockery::mock(Foo::class.'[save, update]');
$fooMock->shouldRecieve('save', 'update')->andReturn(true);

Relations можно не подменять вообще. Они прекрасно подставляются через ActiveRecord::populateRelation().

$foo = new Foo();
$foo->populateRelation('bar', new Bar());