Обычно на Си в линуксе пишутся консольные утилиты a-la tcpdump или coreutils, которые "делают только одну задачу, но делают хорошо" и к которым предъявляются повышенные требования по кроссплатформенности.
GUI на Си начинать писать точно не стоит. Попробуйте начать писать его на питоне или крестах. Когда научитесь, в ряде случаев допустимо будет писать и на Си, но только если выхода нет - например вы дорабатываете какое-нибудь xfce, которое уже написано на Си, или командные требования жестко определяют язык написания. Но первоначальный опыт с GUI все же советую получить в языке с объектами. Что в Qt, что в Gtk все на объектах построено и начиная с Си вы не будете до конца понимать "зачем они так сделали".
