DJVU — это просто картинка, иногда с текстовым индексом для поиска. PDF в некоторых случаях тоже набор картинок. С подобными фалами всегда будут проблемы и нормально читать на устройстве такого размера не поможет ни одна прошивка/конвертер. Поскольку всегда нужно отобразить весь или кусок изображения. Ни о каких изменениях шрифта, выравниванию текста и т.д. здесь и речи быть не может.

Как державший в руках обе железки habrahabr.ru/blogs/ebooks/105400/ скажу Kindle
Преимущества Киндла:
1) Легче, для меня очень важно
2) Намного дольше живет от одного заряда, критично на отдыхе
3) Лучше экран
4) Дешевле

Что бы быть объективным, преимущества Нука:
1) Цветной экранчик для навигации, правда откликом он меня не порадовал
2) Андроид со всеми вытекающими. Если хотите написать что то свое, это может быть решающим фактором при выборе

Попробуйте написать о своем проекте здесь news.ycombinator.com/ и на других подобных сайтах (reddit и т.п.)

и почему же гнев на вариант 2) если он так и напрашивается постановкой задачи. Да, это уже будет не 3-я нормальная форма, но Вам от этого хуже не будет. А обновлять подобные строки станет очень удобно. Главное не забыть сделать пару a_id, b_id уникальной

1) совсем костыльный вариант
3) если много данных будет медленно работать

избыточность данных в варианте 2) скорее всего наименьшее из трех зол

Попробуйте photorec — бесплатно и работает. Я так фотки восстанавливал с карточек