Могут быть разные причины. Например, декодер вынужден пропускать кадры, которые были необходимы для чтения следующих. Почему это произошло — зависит от вашего железа, от проигрываемого файла, от версии VLC и ещё потенциально много чего.
Для подстраховки можно сделать следующее. (Дисклеймер: у меня VLC с английским интерфейсом, поэтому перевод настроек и путей к ним взят из головы.)
- Поставить приоритет выше среднего (Все настройки → Расширенные → Быстродействие).
- Настроить диапазон кеширования (Все настройки → Ввод/кодеки → Дополнительно → Кеш файлов и кеш диска). По умолчанию в обеих настройках стоит 500 мс, можно попробовать поднять до 2000–2500 мс и посмотреть, есть ли существенная разница. Если нет, можно дальше не поднимать — проблема явно не в этом.
- Выключить фильтры, если они включены (Все настройки → Видео → Фильтры).
- Включить аппаратное ускорение (Все настройки → Видео → Модули вывода). Нужно выбрать DirectX или Direct3D и поставить галочки на всех настройках этих модулей. Если они включены, попробуйте отключить.
Если ничего из этого не помогло, то либо файл битый, либо там настройки сжатия какие-то дурацкие, либо железо не тянет, либо, ну, хрен его разберёт.