Александр Талалаев

Вы совсем не понимаете Докер. У него основная концепция - один сервис/приложение - независимое окружение.
Для чего это сделано? Прежде всего безопасность и облегчение развертывания приложения.
Любой администратор линукс (ну и других) систем знает, какого это поддерживать сервер одновременно в актуальном состоянии и нужные версии ПО, библиотеки которых часто между собой конфликтуют, нужно проводить танцы в бубном для того чтобы нужные библиотеки были там те, в другом месте другие. Далее возня с правами, кто под кем запускается, что может, дыры в самом ПО, когда из-за этого будет угроза другим частям системы. Ну и простота настройки, одним одни параметры, другим другие.
Докер позволяет решить эти и кучу других проблем, каждый докер образ это грубо говоря максимально минимизированный образ ОС с установкой только необходим библиотек для конкретного сервиса (например mysql), запускается независимо. Таким образом у себя на сервисе вы имеете возможно спокойно, без затрат умственных ресурсов поднять кучу версий например mysql или php. Да и просто разные программы/сервисы которые могут с друг другом конфликтовать, теперь не будут мешать.
У вас есть свои заготовки образов, либо вы берете готовый рецепт и работаете.
Далее тестирование/разработка значительно упрощается, так как организовать условия максимально приближенные к боевым теперь легче.
Далее можно создавать проверенные системы развертывания, снова таки каждый образ под свои задачи и тд и тп.
Короче говоря да, у докера есть свои минусы, но одновременно это значительный прогресс и облегчения прежде всего работы которая касается улосноый Devops части в разработки ПО, значительно автоматизируются и упрощаются многие штуки.
Так же советую потратить время и посмотреть запись введение в Докер от Хекслет Кирилла Мокевнина. Там небольшие проблемы бывают со звуком, сам вебинар 2 часа, но советую потратить время, он именно рассказывает проблематику, которая привела людей к изобретению Докера и этой концепции.

С Докером все просто, нужно только немного повернуть устоявшуюся логику в мозгах.
Основная суть и идея это запуск каждого приложения (php, mysql и тд) в своем контейнере. При этом сам php будет думать что запущен как всегда в обычной полноценной ОС. Поэтому контейнер собирают так, чтобы удовлетворить минимальные требования программы которую он будет содержать.
Вот так ты и запускаешь кучу контенейров и у тебя выходит сухогруз(у докера там кит) с контейнерами. Зачем это все? Для облегчения администрирования и обновления ПО, а так же для минимизации издержек при глюках/падения какой-либо программы.
Все контейнеры максимально независимы друг от друга, при этом есть механизм когда контейнер завист от другого. Например контейнер phpmyadmin, нет смысл запускать без контейнера mysql или mariadb, работать он не будет.
Общение происходит в основном через сеть, поднимается внутренняя сеть. Так же конечно через диск, все предусмотрено.
Когда все сделано как нужно, с системного администратора снимается гигантский труд по отслеживанию обновлений, совместимости этих обновлений и тд.
Нужна тебе версия php5.6, запустил коннтейнер с ней, нужна php7.1, запустил его, при этом не нужно никаких приключений с обновлением кучи пакетов, возможных конфликтов с другими нужными программами и тд.
Так же удобно решаются вопросы масштабирования, появляются мелкие удобные бонусы по дополнительной автоматизации , уменьшаются риски падения ОС в целом, падает если что только контейнер и тд и тп, в результате есть реальная возможность даже небольшим проектам добиться у себя около нулевого даунтайма.
Вот еще послушай Кирилл Мокевнин из Hexlet пытается понятным языком рассказать что это и зачем. И кстати он делает упор на понимания зачем понадобилось думать и какие проблемы решали когда пришли к Докеру, это ключ к пониманию всего другого.
PS кстати и сам Hexlet крайне советую, они наверное лучшие в рунете для начинающих программистов