nidalee

ffmpeg + bat-файл, например:

for /R %%f in (*.*) do (
ffmpeg -i "%%f" -c:v libx264 -pix_fmt yuv420p -preset slow -crf 20 -c:a aac -b:a 128k "%%f.mp4"
)
pause

Это при условии, что в папке нет файлов, кроме видео, которое нужно сжать.
Если расширение у всех одинаковое, то можно вторую звездочку в (*.*) заменить на него. Например, (*.mp4).

Вы, правда, не уточнили, как именно собираетесь сжимать. В какой кодек и прочее. Поэтому параметры от меня. Они достаточно универсальны.

Handbrake тоже может перебирать файлы в папке, он с интерфейсом.

Используйте контейнер MP4, кодек H.264, но для сжатия не указывайте битрейт, а пользуйтесь CRF. Чего-то в районе 25-30 должно хватить. Чем больше число, тем хуже качество, но меньше размер.

This command encodes a video with good quality, using slower preset to achieve better compression:

ffmpeg -i input.avi -c:v libx264 -preset slow -crf 22 -c:a copy output.mkv

https://trac.ffmpeg.org/wiki/Encode/H.264
Это можно сделать либо через ffmpeg, либо через любой его GUI, например Handbrake.

Дополнительно файл можно сжать сильнее, если уменьшить его FPS. Поскольку это слайдшоу, 1 FPS должно хватить за глаза, если изображения статичны.
С готовым видео после ffmpeg-а это можно сделать, например, с помощью mp4box:

mp4box -add input.mp4:fps=1 -new output.mp4

Лекция у вас в каком виде? Уже готовый видеофайл?