MKV достаточно универсален. Поэтому люди, которые делают рипы, не заморачиваются, не создают себе проблем, и делают рипы в MKV.
Почему не MP4? В основном потому, что контейнер MKV поддерживает все хоть сколько-нибудь популярные кодеки (H.264, H.265, QuickTime...). MP4 - нет. Хотя в данном случае это касается в основном кодеков звука. Потому что вариантов кодирования звука очень много.
Почему не AVI? Он слишком старый и простой. В него нельзя поместить часть нужной информации, плееры иногда должны угадывать параметры сами. Как написали выше, например, это размер пикселя. Хоть я и сомневаюсь, что кто-то из авторов рипов в наше время заморачивается с размерами пикселя, с AVI такого не провернешь. Он популярен, например, в архивах и библиотеках - где нужен максимально простой, не вызывающий никаких проблем контейнер. Кстати, я бы не назвал его популярным, его популярность осталась в начале нулевых. Сейчас у нас в основном MP4, потом примерно поровну MOV и MKV.
В общем и целом MKV используют потому, что это привычно и удобно. А вам, как качающему, должны быть в принципе все равно.
