Для sql варианта 1С нет большой разницы локально или удаленно на него попали. Так же linux это значит вместо mssql будет postgresql, он конечно неплох, но думаю работать будет медленнее. Сам по себе переход от файлово бд к mssql даст приличный прирост к тому же на ssd дисках.