Не вижу проблем управлять закладками средствами браузера. У меня Firefox. Если правильно структурировать (папки, теги, псевдонимы), то проблем нет, к тому же есть поиск. Иногда не можешь придумать как назвать папку, называю что первое в голову по смыслу приходит. Потом бывает перетряхиваю структуру и определяюсь более чётче. Сейчас у меня пять сотен закладок. Из дополнений: сортировщик, чекер и add bookmark here.