Встречал однажды проблему с новыми дисками с 4к форматингом, если выравнивание неправильное то любая хорошая нагрузка на диск выводит в io до 100 процентов.
В итоге поменяли винты на сервере.
Встречал данную проблему у keyweb.
Выложите модель винтов посмотреть можно в parted /dev/sda
