Собственно, в разметке main и нет вызова фрагмента navigantion. Вы вызываете пустой фрагмент content из первого шаблона (кстати, непонятный неймспес: layout:fragment="content", в официальной документации я его не нашёл увидел ссылку в заголовке). Он, я так надеюсь, успешно подставляется. Но вызов навигации из второго шаблона в первом шаблоне не попадает в основной, так как находится за границами контекста вызываемого фрагмента content
