Внутри Directory нужно добавить опцию:

Options -Indexes

На выбор:
1. chroot. Например для debian 8:

debootstrap jessie new-chroot;
mount -o bind /dev ./new-chroot/dev;
mount -t proc none ./new-chroot/proc;

2. Docker или openvz (у первого легкий порог вхождения, второй понадежнее)
3. Взять виртуалку с голой ОС, сделать снапшот и откатыватся...

Да масса вариантов, вопрос от желания заморачиватся или писать скрипты

Вопрос лиш в том что вы хотите стереть. содержимое файлов без гарантий восстановить их исходя из границ файлов? Тогда dd if=/dev/urandom of=/dev/sdX

Если хотите обезопасится от более технически хитрого восстановления - проведите эту операцию 3-6 раз.