Все зависит от поставленной задачи.
Есть много готовых систем управления для мгазинов например Magento, OpenCart, так же есть готовые решения в в иде дополнений для WordPress, !Joomla. У всех есть свои плюсы и свои минусы, выбирать стоит под конкретную задачу. Используя их вы делаете в основном тольок html/css/js шаблон, и натягивете на готовый функционал. В редких случаях что то приходится менять в самом коде CMS.
Если вам надо писать свою систему управления, то тут html, css, php, js и базы данных и вперед
