ttt21,
По факту в ai-файле толщина линий 0,25pt, а в pdf линии уже 0,001 и при просмотре они кажутся толще (хотя на самом деле при масштабе от 100% до 6400% видно, что они одинаково тонкие. Как я и думал "это не баг, а фича". На печати такие видно не будет, но на превью они будут смотреться толще. Плюс, в вашем pdf каждый объект находится в отдельной маске, что смотрится странным решением. Попробовал крутить файлы, пересохранять, упрощать и т.п.. Если просто пересохранить из ai в pdf со стандартными настройками, то у меня при открытии в Иллюстраторе все группы объектов и их толщина сохранились как в оригинальном ai.
Получается, до вставки pdf-карты в новый файл ai она уже не соответствует оригиналу. Про отображение тонких линий, границ объектов, прозрачностей и масок в Acrobat и других просмотрщиках было много тем в сети. Где-то влияли настройки рендеринга (Ctrl+K при открытом файле), но в этом вопросе не помогло.
Если в оригинальном ai разобрать обводки, то толщина линий уже не изменится. Проверил, работает. Может не сработать если есть маски и делать через Object - Path - Outline stroke, но сработало при Object - Expand.
Мне не понятно, зачем нужно вставлять в ai именно pdf. Ведь можно просто взять оригинальную карту из ai и добавить в общий файл подрамника без этих плясок с бубном)) Хоть простым копированием, хоть ссылкой.
UPD В версии 2015 проблема есть, а в 2017 ее нет. 
