res2001

Вариант батника для файлов в одном каталоге и имена файлов не шаблонные:

chcp 1251
for /f "tokens=1,2 delims=<тут подставить символ TAB>" %%a in (file.txt) do (
    ren "<имя каталога>\%%a" "%%b"
)

список файлов для переименования складываете в файл file.txt кладете его рядом с батником. file.txt должен быть в кодировке 1251. Формат file.txt:

<имя исходного файл с расширением><TAB><имя результирующего файла с расширением>

В именах файлов не должно быть символа TAB
В скрипт подставить соответствующие значения вместо комментариев в угловых скобках.
В зависимости от того в каком виде вы можете предоставить список файлов, можно переделать скрипт.
Скрипт не тестировал.

Наверное потому что у команды tree нет параметра --hidden, впрочем как и у dir.

Можете написать небольшой скрипт: с помощью dir /ahd /b /s - выводите список скрытых каталогов, сохраняете его в файл. Дальше проходитесь attribом по каждому каталогу из файла и снимаете аттрибут "скрытый", выполняете tree, снова attribом устанавливаете аттрибут.

Другой вариант - ищите стороннюю утилиту, которая умеет строить деревья каталогов включая скрытые.

PS: вообще нафига вам эти заморочки со скрытыми каталогами? Что .git глаза мозолит?

С таким описанием проблемы могут быть много где, начиная от кривых драйверов, блока питания и заканчивая процом.

Что можно предпринять:

1.Протестировать оперативную память
Делаете загрузочную флэшку с memtestом и грузитесь с нее.
Гоняете мемтест. Если ошибки есть и у вас несколько плашек памяти, то нужно выявить сбойную плашку. Оставляете одну плашку и повторяете мемтест, потом меняете плашку и снова тест и т.д. На какой плашке будут ошибки ту и надо поменять. Сбойными могут быть несколько плашек памяти.
Зависания в этом случае могут быть как признаком ошибки памяти так и признаком других проблем.

2. Исключить влияние вашей винды. Делаете загрузочную флэшку с нагрузочными тестами, физически отключаете все диски, загружаетесь с флэшки, гоняете достаточно продолжительное время нагрузочные тесты, лучше использовать несколько разных тестов.
Если тесты проходят нормально (нет зависаний, перезагрузок и т.п.), стоит протестировать ваш системный диск.
Если с дисками все нормально, то в проблемах виновата ваша винда. Возможно какой-то кривой драйвер. Самый простой способ лечения - переустановить винду. В принципе, можно сразу с этого начать, если на компе нет ничего особо важного, но если причина не в винде, то переустановка не поможет.

3.Проверить температуру проца и видюхи под нагрузочным тестом и без него.
Это можно делать одновременно с предыдущим тестом. Как правило на диагностических загрузочных флэшках есть софт для мониторинга температуры.
Если температура будет высокая (особенно если она высокая без тестов), то стоит начать со смены термопасты на куллере.

4. Тест диска.
Вряд ли в проблеме виноват диск, но это сделать легко, загрузившись с той же флэшки.

5.Тест блока питания
Если есть возможность поменять блок питания на заведомо рабочий, отключить все диски, загрузится с флэшки и погонять нагрузочные тесты. Если зависаний не будет (но были на п.1), то видимо причина в блоке питания - покупаете новый БП.

Если все вышеперечисленное не поможет выявить проблему - в сервис. В этом случае причина скорее всего в материнке или в самом проце.

Хороший конструктор для изготовления загрузочной диагностической флэшки: https://adminpe.ru/winpe10/

Кроме обновлений безопасности есть еще вопрос совместимости с оборудованием. На ОС, которые не поддерживает производитель перестают писать драйвера для нового оборудования и оно просто там не будет работать. Рано или поздно даже в домашних условиях вы с этим столкнетесь, если останетесь на WinXP/7.
Ставьте Windows10. Она лучше, чем Win8.1.
На Win10 микрософт сменила политику и теперь обновляет ОС с помощью обновлений, а не выпуском новых версий. Так что есть шанс просидеть на Вин10 достаточно долго.

Файлы можно бэкапить с помощью xcopy, используя аттрибут файла "Архивный" как сигнал о том, что файл был модифицирован после последней архивации. После любой модификации файла аттрибут установится автоматически.
Если надо сжимать, то консольный rar умеет так же работать с этим атрибутом. После архивации файла атрибут сбрасывается. Если правильно помню флаг -ac у него за это отвечает. На счет других архиваторов не знаю, есть ли у них поддержка такой возможности (вроде у старого доброго arj еще была такая фишка).
Собственно, основывая бэкап на использовании этого аттрибута можно накидать не сложный батник для бэкапа, который будет архивировать любым нужным архиватором выбранные файлы. Отбирать файлы по атрибутам можно с помощью dir, архивируем файл, сбрасываем аттрибут, профит.

Настройки контекстного меню проводника лежат в реестре. В инете полно информации о том как можно добавить/удалить пункт в это меню. vindavoz.ru/win_obwee/548-ubrat-dobavit-punkty-v-k...

Нет смысла. Для того и разделяют данные от ОС и программ, что бы можно было переустановить ОС без ущерба для данных.
Но какие-то из программ, установленных на других дисках могут перестать работать. В этом случае просто удалите папку с программой и установите ее туда же.
Кстати, многие игры и программы хорошо переживают переустановку системы, так что сначала проверьте будет ли работать программа.
Дефрагментация нынче не сильно актуальна, особенно на ssd.

Можно с помощью spacesniffer удобно и быстро посмотреть что отъедает место. Она будет смотреть только файлы доступные пользователю.
Корзина и точки восстановления, как уже писалось, то же место жрут.

cmd.exe - обычное консольное приложение.
Судя по вики DX Ball виндовое приложение.
У DOS приложений даже формат исполняемого файла другой.
На сколько я знаю без танцев с бубном в современной винде DOS приложения не работают. Танцы подразумевают под собой запуск приложения из-под эмулятора, например dosbox.
Несколько лет назад имел удовольствие реанимировать одну софтину, когда умер старый комп с DOSом на котором она работала..

Указать полный путь до установленной openssl или прописать этот путь в переменной окружения PATH.