Делайте на Linux. Поднимайте самбу, шарьте директорию и переливайте бэкапы. Если есть аппаратный рейд замечательно, если нет и железка бюджетная, то соберите программный RAID1 (mdadm). Бэкап делайте стандартным Windwos Server Backup из коробки, так же и SQL. базы данных. Я бы бэкап целых виртуалок не делал, только состояние системы и данные. (Это мое мнение)
Если хотите перестраховаться, то обратите внимание на штатную репликацию ВМ в Hyper-V.