Всегда по-разному. В основном доработки на фрилансе, это конечно уже готовые сайты, а готовые сайты обычно лежат на FTP или дают доступ к админке для загрузки файлов.
Главное — не забывайте делать бэкапы изначального состояния, чтобы потом не выстрелить себе в ногу. Много было моментов, когда именно бэкапы и спасали.
Кто-то просит на почту или в чате отправлять архив и сами его загружают, но работать с простейшими FTP-клиентами надо уметь.