1. Есть, обычно в таких конторах на нём все и делают, чтобы потом не сильно запариваться с поддержкой и делать быстрее.
2. Переопределять не нужно, БЭМ и Bootstrap могут жить вместе. Такие вопросы уже задавались, можно поискать. Например:
https://github.com/bem-site/bem-forum-content-ru/i...
Есть недостатки у Bootstrap, как и у любого инструмента. На работе чаще всего не приходится выбирать с чем конкретно работать, если уже есть сложившиеся принципы работы. Нужно уметь адаптироваться и вникать в новое, и в «простыни документации».