s5656

Ну давайте обратимся к документации и попробуем понять в какой момент происходят изменения в конечном файле:

ZipArchive::close — Close opened or created archive and save changes. This method is automatically called at the end of the script.

То есть либо при вызове ZipArchive::close, либо в конце скрипта (так как автоматически вызывается ZipArchive::close).

Сам по себе ZipArchive — синхронный.
Если в одном потоке, то вы создаете и редактируете один архив, через один объект ZipArchive и когда вызываете close — все сохраняется в файл, на диск.
Если вы работаете в нескольких потоках, то у вас создается несколько ZipArchive, которые друг о друге ничего не знают и когда вы вызываете close — каждый из них пытается сохранить свои изменения и здесь уже кто последний тот и папа сохранил свою версию.

Нужно либо как-то передавать экземпляр ZipArchive между вашими потоками, либо писать свою (или найти готовую) библиотеку для асинхронной работы с zip архивами.

Как более простой вариант — делать работу с файлами асинхронно (во временной директории?), а затем их архивировать через тот же zip (консольную утилиту).

Почему никто документацию не читает?
Пример на коленке, но смысл понятен.

<?php
$fp = fopen('filename', 'r');
fseek($fp, -1, SEEK_END);
$result = '';
$lineCounter = 0;
while ($lineCounter !== 10 && ftell($fp) !== 0) {
	$byte = fread($fp, 1);
	if ($byte === "\n") {
		$lineCounter++;
	}
	fseek($fp, -2, SEEK_CUR);
	$result = $byte . $result;
}

echo $result;

никакой, использовать нативные шаблоны