Скрипт надо хендлить. То есть веб-сервер должен понимать, что это скрипт и выполнять его, а не отображать как страничку.
Убедитесь, что выполнение скриптов разрешено в вашей папке
<Directory "/var/www/htdocs/somedir">
Options +ExecCGI
</Directory>
Убедитесь, что расширение файла прописано в хендлере
AddHandler cgi-script .cgi .pl
Можно даже указать хендлер конкретно для этой папки:
<Directory "/home/*/public_html">
Options +ExecCGI
AddHandler cgi-script .cgi
</Directory>