Никак. Удалить файл из репозитория со всей его историей, невозможно без клонирования проекта с нуля всеми разработчиками.
То есть на одном конкретном репозитории вы можете локально удалить, но если другой разработчик будет пользоваться просто git fetch/pull, у него ничего не удалится, а при первом git push история с его репозитория к вам вернется.
Единственный способ - на центральном репо удаляете файл (можно воспользоваться библиотекой BFG), затем ВСЕ разработчики, все джобы в тимсити/дженкинсе удаляют у себя репозиторий и делают git clone. Либо тоже запускают у себя BFG.