Если пробелы есть в основах, то Лутц. Если надо углубится, то "Fluent Python" Ромальо. Если надо подтянуть стандартную библиотеку, то официальная документация. Если понять нюансы работы CPython, то можно почитать "Inside The Python Virtual Machine".
Надо понимать, что "Философия Java" - это учебник среднего уровня, поэтому Эккель либо упростил для понятности, либо написал это в контексте обсуждения, исключающем статические методы и вызовы методов суперкласса.
На сколько мне известно, такой литературы нет. Предполагается, что собирающийся писать свою ОС, хорошо понимает, как работает железо и существующие операционные системы.
Терпение и труд всё перетрут, как говорится. Надо заставлять себя, день за днём, без перерывов. Мозг постепенно адаптируется и процесс пойдёт легко и естественно.
Там нет тонны воды, там просто разжёвано так, чтобы любой дурачок понял. Ничего более объемлющего и доходчивого по Python нет. Если верите в свои силы и хотите предельной конкретики, можете попробовать читать документацию.