Обожемой, это же основы Java, рано вам ещё в Spring лезть.
Почему пишется аннотация к ним, если класс только один, у него нет родительского класса и похожих методов?
Все классы неявно наследуют Object, в котором и определены интересующие вас методы.
И почему пишется "Employee() {}" до создания метода c этим именем?
Во-первых, это не метод, а конструктор. Во-вторых, у сущностей должен быть конструктор без параметров, иначе ORM не сможет их создавать.