Проще всего кастомизировать файл выгрузки, они расположены по пути /bitrix/php_interface/include/catalog_export/yandex_run.php|yandex_setup.php (если пользуетесь стандартной выгрузкой). Кастомизируете оба файла (называете иначе, но обязательно сохраните постфикс файлов: _run.php _setup.php).
Код формирующий выгрузку содержится в yandex_run.php. (в файле будет содержаться подключаемый файл из ядра, найдите его, и полностью скопируйте код его содержимого себе в кастомизированный файл <вашеназвание>_run.php) . Сам код получения свойств конкретного товара такой
$ipropValues = new \Bitrix\Iblock\InheritedProperty\ElementValues(
$arCurElem["IBLOCK_ID"], // ID инфоблока
$arCurElem["ID"] // ID элемента
);
$arElMetaProp = $ipropValues->getValues();
Вставить его нужно внутри цикла проходящего по найденным товарам и передать требующиеся значения. (Обратите внимание, что в зависимости от того использует ли каталог торговые предложения или нет, определяется место вставки данного кода). Сам такое не делал, возможно есть более прямые пути, без подзапросов, но это первое что приходит в голову.
