После всех моих мучений оказалось, что ларчик открывался не просто, а элементарно просто.
Для conda нет никакой необходимости видеть остальные виртуальные окружения. Чтобы conda могла работать с ним, достаточно выполнить команду
activate path/to/virtual/environment/folder
После этого можно обновить все пакеты в виртуальном окружении
conda update --all
или же установить нужный, например, scipy:
conda install scipy
и потом отключиться от виртуального окружения, как это обычно делается:
deactivate