Реализация просто ужасная. но если все же нужно то стоит выучить двунаправленные протоколы. через HTTP теоретически и технически ничего хорошего получится не может.
"на сайте делается запрос аля comet, ожидает ответа, если ответа нет,
то через 2 минуты делает новый запрос, и все до тех пор, пока цикл php не выдаст ответ."
Бесполезная трата ресурсов. Если ничего не происходит вы в холостую гоняете циклы. Для справки каждый процесс пхп минимум требует около мегабайта. оперативной памяти (а зачастую больше) Умножте на количество клиентов и вы поймете что отдавать (на вскидку могу сказать что тут будет примерно по 1,4 мб в среднем) около 700 мегабайт оперативной памяти на холостую обработку слишком жирно.
теперь представим что мы отказались от циклов на сервере давайте запустим цикл на клиенте? А че? просто на джава скрипте каждые 5 секунд отправляем запрос на сервер скрипт обработчик делает запрос на табличку просто на наличие записей с галочкой new. обрабатывается запрос не долго в считаные милисекунды да еще и все-го лишь каждые 5 секунд лепота... Но клиент сволочь! он вздумал средней кнопкой мыши вкладки открывать! Да еще и по 10 штук! да еще и откроет и не закроет и пойдет свою сантабарбару смотреть! Нативный ДДОС самого себя по другому.
Как бы вы не пытались найти решение. Но самый грамотный и правильный ответ на ваш вопрос - На связке "ajax + mysql + php" реализовать данный функционал технически не возможно ввиду устройства протокола HTTP.
