Боюсь что разновендорность сетевых железок на концах туннелей часто играет негативную роль. Надо сниффить трафик, смотреть в каком моменте происходит рассогласование протокола. И отправлять в поддержку Mikrotik или в SoftEther в зависимости с чьей стороны нарушен RFC =)
