Если ответить коротко — зависит от ограничений файловой системы.
Это, пожалуй, индивидуальная мера для выбранной системы, на каком количестве файлов начнутся тормоза.
На практике, чем больше файлов в папке — тем медленнее листинг. Индивидуальный доступ к одному файлу из 30 тыс. может не отличаться по скорости(если в директорию никогда не заходить через терминал), но листинг может занять несколько минут и загрузить процессор.
Лично я распределяю по удобству копирования и архивации, примерно по несколько сотен файлов(до тысячи) в одной папке.
