Разобрался. Оказалось я неправильно прописал путь к GIT в config/gitlab.yml
по умолчанию там
git:
bin_path: /usr/bin/git
Я при настройке затупил и написал (в мануале было написано что если вы собирали ГИТ из исходников то пропишите этот путь. Я перепутал и написал его, хотя из исходников я собирал руби а не ГИТ)
git:
bin_path: /usr/local/bin/git
Для тех кто так же как и наткнется на нечто подобное опишу еще немного симптомов.
В самом гитлабе все работает, комиты отображаются. По ssh тоже все работает.
А вот http работает только частично.