git rm somefile), а потом сделать squash (склеить ряд коммитов в один, про это можно почитать отдельно) для ветки с этим PR, сделать отдельную ветку, где всё слито в один коммит, где этих файлов уже не будет в истории, а старую ветку удалить и запушить её удаление (git push --delete origin some_branch_to_remove).