Вячеслав

Нет общей формулы успеха :) Пробуйте, учитесь, ломайте побольше дров, что бы легче было в будущем :)

Photoshop, Sketch — графика
invisionapp.com, zeppelin — коворкинг, презентация работы и трекинг задач
Trello — трекинг задач
DropBox, Git — контроль версий, коворкинг и бекап файлов
Skype, почта — общение голосом/переписка с клиентами, голосом внутри команды
Slack, telegram — общение перепиской внутри команды

Удобнее Фотошопа нет.

Единственный достойны вариант еще — Sketch App. Но вам потребуется:

1. Достаточно хорошее железо (не смотрите, что приложение мелкое. На самом деле при достижении определенного веса макета начинает жрать очень много ресурсов)
2. Взаимодействие внутри команды разработчиков. Верстальщики и фронтенщики должны быть готовы работать со Скетчем (им даже скорее всего понравится).

По поводу проблемы обновления... Увы это часть работы, ее можно максимально оптимизировать, но все равно часть неудобств останется.

Есть варианты:

1. Если вы занимаетесь мобильными приложениями, то тут и говорить нечего сами прекрасно знаете: можно обойтись одним файлом и грамотно работать с смартобъектами
2. Старайтесь не плодить макетов там, где это не нужно: большенство страниц можно паковать в один макет с 70% общих элементов
3. В крайней версии фотошопа, не помню как именно называются, смартобъекты нового типа: вы работаете со вложенностями одного PSD в другие. Таким образом вы можете, например, обновить футер на во всех макетах за раз. Но! Для работы с такими смартобъектами другим членам команды разработчиков потребуется освоить самую свежую версию фотошопа. В условиях фриланса, когда разработчики разные и привыкли работать по раному (многие верстальщики сидят до сих пор на CS3, например) эта схема не работает т.к. коммерчески выгоднее все переделать ручками. Но в условиях собственной команды можно экспериментировать.
4. Стройте свою работу так, что бы не возникало таких ситуаций. Утверждайте определенные элементы заранее, разделяйте работу с сайтом на этапы и интерации. Делайте выносные макеты, UI-kit'ы, которые имеют преоретет для разработчиков выше того, что вы забыли обновить в макетах.

Могу добавить к этому, что в фотошопе есть довольно много инструментов оптимизирующие задачу свести стилистику к общему знаменателю... Например, вы можете перебрасывать из макета в макет целые блоки через dublicate layer с выбором открытого psd куда хотиете отправить, стили слоев тоже можно копировать, накладывая фильтры на смартобъекты вы сохраняете настройки им и можете перебрасывать между слоями (а соответственно и между макетами). Единственное чего очень не хватает — копирование стилей текстов... Но грамотная работа с горячими клавишами и выделением через контрол помогает.