Контрольную сумму можно тупо занулить, например. Вообще вам бы надо сравнить файлы до и после редактирования побайтно, вдруг все-таки есть другие изменения...
В данном случае могу сказать определено что это не GPG. Вообще нужны подробности: источник данных, почему подозревается шифрование, предположения о длине и содержимом исходных данных...